首先，MP3音质不如AAC和WMA。其次，苹果的iTunes和微软Windows Media Player等主流CD烧录软件都鼓励人们把音乐转换成AAC或WMA格式，减少了MP3音乐的来源。第三，目前只有很少在线音乐商店提供合法的MP3音乐。第四，开源音乐格式Ogg的出现，使得MP3的兼容性遭到了挑战。最后，目前的网络带宽已经可以支持FLAC无损压缩格式的传播。
汤姆逊力推MP3环绕声
作为MP3专利持有人，法国汤姆逊公司(Thomson)曾在2001年试图将现有MP3格式升级成mp3Pro，然而却只有RCA(汤姆逊的子公司)一家公司响应，而消费者也并不认可。现在，汤姆逊又开始了第二次尝试。它在2005年推出了MP3的环绕立体声版本MP3 Surround。这种新格式在MP3文件中增加了一层用于说明音乐的位置信息，在播放时会产生环绕立体声效果，而付出的代价仅仅是为每秒钟的MP3文件增加15比特。MP3 Surround向下兼容，目前的MP3播放器可以继续使用。
MP3 Surround的相关软件可以在www.all4mp3.com网站下载。经测试，MP3 Surround的效果确实比MP3好得多，即使用普通立体声耳机也能分辨出两者的区别。不过要想取代MP3的地位，还需要获得更多音乐播放设备的兼容。
不过，汤姆逊认为，MP3 Surround的未来已经出现了一丝曙光。据该公司MP3授权部门经理Rocky Caldwell介绍，现有的DVD影碟机只需经过固件升级便可支持MP3 Surround。而汤姆逊也正凭借它与MP3播放器厂商的良好关系，来说服他们在产品中支持MP3 Surround。
Caldwell还透露，索尼很可能在下一代游戏机PS3中加入对MP3 Surround的支持。因为这种格式可以极大地提高游戏的音响效果。至于目前流行的便携式媒体播放器(PMP)，Caldwell称,只要处理器的运算速度超过150MIPS，便可兼容MP3 Surround。
不过有了mp3Pro的前车之鉴，汤姆逊意识到不能只依靠RCA一家公司之力，还应多联络其他厂商，尤其是MP3播放器市场的霸主——苹果。汤姆逊正试图说服苹果在iPod播放器中加入对MP3 Surround的支持。尽管苹果以前从不同意在iPod上安装第三方软件，但是由于汤姆逊与苹果有着一向良好的合作关系，业内人士推测，苹果也许可以破例。
据汤姆逊称，所有已得到MP3授权的厂商都可免费使用MP3 Surround格式。然而，即使获得硬件厂商支持，MP3 Surround的普及仍然有个致命伤：那就是缺少片源。由于MP3 Surround不支持数字版权管理，使得它在防盗版方面无能为力，因此唱片公司并不欢迎这种格式。
不过汤姆逊认为，缺少唱片商的支持并不会妨碍MP3 Surround的流行，关键是要能赢得消费者的青睐，当年MP3大获成功就是最好的证明。
